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气体

swMATH ID: 29624
软件作者: 徐,A.,莫雷特,B。
描述: GASTS:重排下的节俭得分。全基因组数据的积累重新引起了人们对基因组重排研究的兴趣。比较基因组学、进化生物学和癌症研究都需要模型和算法来阐明这些重排的机制、历史和后果。然而,重排会导致NP-hard问题,因此当前的方法,如MGR工具,仅限于基因组的小集合和几百个共构块的低分辨率数据。我们描述了第一个用于重排分析的算法,该算法在时间和准确性上都可以扩展到现代高分辨率基因组数据。我们的主要贡献是GASTS,这是一种为固定的系统发育树打分的算法:给定一棵树和一组基因组,每个基因组对应于树的每一片叶子,每个基因组由一个有序列的同步块列表给出,GASTS为树的内部节点推断基因组,以最小化覆盖所有树边缘的总和,树节点之间的成对基因组距离。我们对模拟数据和实际数据进行了大量测试,结果表明,我们的算法比现有方法运行速度快几个数量级,并且随着所涉及基因组的大小线性而不是指数级地扩展;对于当前方法可以在一天内完成的小实例,我们的算法也会返回更好的分数。在模拟中,我们的树得分保持在0.5以内
主页: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3642-23038-7_29
相关软件: MSOAR公司;OrthoMCL公司;格拉帕;快速树;RAxML公司;Mauve公司;OrthoDB公司;鸡蛋NOG;莫帕尔;ASTRID公司;巴克;姆特雷米克斯;HyDe公司;星光大道2号;国际GTP;PAUP公司*;阿尔法;RAxML-灯;UFBoot2;生物++
引用于: 4文件

2篇连载文章中引用

1 组合优化期刊
1 计算生物学

按年份列出的引文