RAxML-灯 swMATH ID: 29595 软件作者： Stamatakis，A.、Aberer，A.J.、Goll，C.、Smith，S.A.、Berger，S.A.和Izquierdo-Carrasco，F。 描述： RAxML-Light：计算TB级系统发育的工具。动机：由于分子测序的进步和分子数据的日益快速收集，门信息学领域正在转变为计算科学。因此，需要能够部署在超级计算环境中并可扩展到数百或数千个核的新工具。结果：我们描述了RAxML-Light，这是一种在最大似然下在超级计算机上进行大规模系统发育推断的工具。它实现了一种轻量级的检查点机制，部署了128-bit（SSE3）和256-bit（AVX）向量内部函数，提供了两种正交内存节省技术，并提供了一种细粒度的生产级消息传递接口似然函数并行化。为了证明代码的可扩展性和健壮性，我们利用672个核心在模拟DNA比对（1481个分类群，20000000 bp）上推断出系统发育。此数据集需要1TB的RAM来计算单个树上的可能性得分。代码可用性：https://github.com/stamatak/RAxML-Light-1.0.5。数据可用性：http://www.exelixis-lab.org/onLineMaterial.tar.bz2 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3400957/ 相关软件： RAxML公司；三重MaxCut；气体；ProCAR项目；角度；NINJA公司；SVD请求；午睡；快速RFS；四重奏MaxCut；记录-I-DCM3；DACTAL公司；NJMerge公司；iGLASS系统；莫帕尔；ASTRID公司；巴克；姆特雷米克斯；HyDe公司；星熊2 引用于： 2文件 由4位作者引用 1 约格·豪泽 1 Kassian科伯特 1 亚历山大·斯塔马塔基斯（Alexandros P.Stamatakis）。 1 Tandy J.沃诺。 2篇连载文章中引用 1 理论计算机科学 1 计算生物学 在5个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文