米尔芬德 swMATH ID: 29577 软件作者: Huang,T.H.,Fan,B.,Rothschild,M.F.,Hu,Z.L.,Li,K.,Zhao,S.H.黄,T.H.,范,B.,罗斯柴尔德,M.F.,胡,Z.L.,李,K.,赵,S.H。 描述: MiRFinder:全基因组快速microRNA前体扫描的改进方法和软件实现。背景:MicroRNAs(miRNAs)被认为是非编码RNA中最重要的家族之一,是基因表达的重要序列特异性转录后调节因子。识别miRNAs是理解转录后调控机制的重要要求。通过直接克隆和计算方法,已经在几个物种中鉴定出数百种miRNA。然而,由于缺乏序列特征或有效识别miRNA的稳健算法,仍有许多miRNA有待识别。结果:我们评估了对miRNA前体预测有价值的特征,例如miRNA和非miRNA发夹茎区域的局部二级结构差异。我们还建立了不同类型突变与前miRNAs二级结构之间的相关性。利用这些特征并结合当前预miRNA预测方法的一些改进,我们实现了一种计算学习方法SVM(support vector machine,支持向量机),以构建一个高通量、高性能的计算前miRNA预测工具MiRFinder。该工具是为两个相关物种的基因组、成对序列设计的。该工具中内置的方法包括两个主要步骤:1)全基因组搜索发夹候选,2)基于SVM方法对18个参数的分析排除非稳健结构。应用该工具对鸡/人和黑腹滨鹬/假暗盲滨鹬进行成对基因组比对的结果表明,该工具可用于全基因组的前miRNA预测。结论:MiRFinder可以很好地替代当前的miRNA发现软件。此工具位于http://www.bioinformatics.org/mirfinder/。 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2206061/ 相关软件: MiPred公司;miR基底;DEGseq公司;星形底座;BSMAP公司;烘烤;天鹅绒;阿拉伯;拼接陷阱;DWE公司;CLIPZ公司;mir工具;miR快件;TargetSpy公司;miRNA键;PatMaN公司;序列总线;项目II;MiRonTop公司;米拉分析仪 引用于: 2文件 全部的 前5名7位作者引用 1 阿兰塞(Ana M.Aransay)。 1 迈克尔·哈肯伯格 1 姜斌 1 李伟 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔,奈亚拉 1 宋晓峰 1 王明浩 连载1篇 1 理论生物学杂志 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 总体主题;集合(00-XX) 1 计算机科学(68-XX) 按年份列出的引文