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米尔芬德

swMATH ID: 29577
软件作者: Huang,T.H.,Fan,B.,Rothschild,M.F.,Hu,Z.L.,Li,K.,Zhao,S.H.黄,T.H.,范,B.,罗斯柴尔德,M.F.,胡,Z.L.,李,K.,赵,S.H。
描述: MiRFinder:全基因组快速microRNA前体扫描的改进方法和软件实现。背景:MicroRNAs(miRNAs)被认为是非编码RNA中最重要的家族之一,是基因表达的重要序列特异性转录后调节因子。识别miRNAs是理解转录后调控机制的重要要求。通过直接克隆和计算方法,已经在几个物种中鉴定出数百种miRNA。然而,由于缺乏序列特征或有效识别miRNA的稳健算法,仍有许多miRNA有待识别。结果:我们评估了对miRNA前体预测有价值的特征,例如miRNA和非miRNA发夹茎区域的局部二级结构差异。我们还建立了不同类型突变与前miRNAs二级结构之间的相关性。利用这些特征并结合当前预miRNA预测方法的一些改进,我们实现了一种计算学习方法SVM(support vector machine,支持向量机),以构建一个高通量、高性能的计算前miRNA预测工具MiRFinder。该工具是为两个相关物种的基因组、成对序列设计的。该工具中内置的方法包括两个主要步骤:1)全基因组搜索发夹候选,2)基于SVM方法对18个参数的分析排除非稳健结构。应用该工具对鸡/人和黑腹滨鹬/假暗盲滨鹬进行成对基因组比对的结果表明,该工具可用于全基因组的前miRNA预测。结论:MiRFinder可以很好地替代当前的miRNA发现软件。此工具位于http://www.bioinformatics.org/mirfinder/。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2206061/
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引用于: 2文件

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