PaxDb公司

PaxDb,一个蛋白质丰度数据库,涵盖了生命的三个领域。尽管蛋白质的表达在时间和空间上都受到调控,但大多数蛋白质都有一个内在的“典型”功能有效丰度范围。这些分子从每个细胞的几个信号蛋白分子,到数百万个结构蛋白的分子。在解决与蛋白质进化、翻译和折叠有关的基本问题时,以及在常规实验室工作中,通常需要对生物体内每种可检测蛋白质的野生型平均丰度进行简单的粗略估计。在这里,我们介绍一个元资源,致力于整合绝对蛋白质丰度水平的信息;我们特别强调深度覆盖、一致的后处理和不同生物体之间的可比性。公开的实验数据被映射到一个共同的名称空间,在串联质谱数据的情况下,使用标准化的光谱计数管道重新处理。通过对各种样本、条件和单元类型进行聚合和平均,得到的集成数据集实现了更大的覆盖率和更高的动态范围。我们通过评估与外部提供的蛋白质网络信息的一致性,对每个有贡献的单独数据集进行评分和排序,并证明我们的加权集成比单独的数据集显示出更大的一致性。当前的PaxDb版本2.1(http://pax-db.org/)提供了整个生物体的数据以及组织解析的数据,涵盖了12个模型生物体中的85000个蛋白质。所有的数值都可以通过预先计算的正交关系无缝地进行比较。