保护网 swMATH ID: 29365 软件作者： 贝纳西·M、卡斯蒂格利奥内·F、费兰蒂·A、加夫里拉·C、蒂尼·M、塞萨里尼·G 描述： ProtNet：一种用于随机模拟蛋白质相互作用网络动力学的工具。背景：蛋白质相互作用支持细胞组织并调节其对任何特定刺激的反应。最近的技术进步产生了旨在描述细胞相互作用体的大型数据集。这些数据通常以图表的形式呈现，其中蛋白质（节点）通过边缘与其实验确定的伙伴相连。这种表示揭示了蛋白质相互作用（PPI）网络与其他类型的复杂网络一样，不是随机组织的，并且显示了典型的“层次”网络的特性，将模块性和局部聚类结合在一起，形成无标度拓扑。无论信息多么丰富，这种表示都是静态的，并且没有提供关于细胞内蛋白质相互作用的动态性质的线索。结果：为了填补这一方法上的空白，我们设计并实现了一个计算机模型，该模型捕获了蛋白质相互作用的离散性和随机性。在我们的简化模型ProtNet中，细胞内空间被映射到二维或三维晶格上，每个晶格点的线性尺寸（5nm）相当于平均球状蛋白的直径。填充蛋白质的晶格具有占有率（例如20 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1885856/ 相关软件： 动态记录仪;gplots（gplots）;负原子;矩阵数据库;内部数据库;HuPho公司;miRNet（miRNet）;小队;吉梅纳;线索GO;全球气候变化评估;雷德（Rede R）;字符串db;阿尼莫;PRS公司;网络同步;SMPDB公司;路径蜂窝网;全球导航卫星系统;年战略;ATtRACT公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 阿尔贝托·桑托斯·德尔加多 1 路易斯·冯·斯特乔 连载1篇 1 分子生物学方法 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文