NPInter公司 swMATH ID: 29361 软件作者： 郝毅、吴伟、李浩、袁杰、罗杰、赵毅、陈锐 描述： NPInter v3.0：非编码RNA相关相互作用的升级数据库。尽管已经发现了大量非编码RNA（ncRNAs），但其功能仍不清楚。为了让研究人员更好地了解ncRNAs的功能，我们将NPInter数据库更新为3.0版，其中包含经实验验证的ncRNAs（不包括tRNAs和rRNAs）之间的相互作用，特别是长非编码RNA（lncRNAs，long noncoding RNAs与其他生物分子（蛋白质、mRNAs、miRNAs以及基因组DNA）之间的交互作用。在NPInter v3.0中，与ncRNA相关的相互作用不仅从科学文献中手动策划，而且从高通量技术中策划。此外，我们还从AGO CLIP-seq数据支持的电子预测中筛选出lncRNA–miRNA相互作用。与NPInter v2.0相比，交互作用信息更丰富（包含组织或细胞系、结合位点、保守性、共表达值和其他特征的额外信息），更有组织性（根据数据源、组织或细胞株、实验和其他标准对数据集进行划分）。NPInter v3.0将数据集从68种实验技术扩展到188个组织（或细胞系）中的491416个交互作用。NPInter v3.0还改进了用户界面并添加了新的web服务，包括一个本地UCSC基因组浏览器，以可视化绑定站点。此外，NPInter v3.0定义了一组高置信度的相互作用，并根据数据库中的相互作用预测了lncRNA在人类和小鼠中的功能。NPInter v3.0位于http://www.bioinfo.org/NPInter/。 主页： https://academy.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baw057/2630376 相关软件： 动态记录仪；gplots（gplots）；黑人；矩阵数据库；内部数据库；HuPho公司；miRNet（miRNet）；小队；吉梅纳；线索GO；全球气候变化评估；雷德（Rede R）；字符串db；阿尼莫；PRS公司；网络合成；SMPDB公司；路径蜂窝网；全球导航卫星系统；年战略 引用于： 2文件 全部的 前5名8位作者引用 1 阿尔贝托·桑托斯·德尔加多 1 刘梦林 1 潘文文 1 宋克建 1 孙晓飞 1 路易丝·冯·斯特肖 1 王磊 1 严，欣 2篇连载文章中引用 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文