烟雾探测器 swMATH编号： 29337 软件作者： Wymant C、Hall M、Ratmann O、Bonsall D、Golubchik T de Cesare M、Gall A、Cornelissen M、Fraser C 描述： PHYLOSCANNER：从宿主内和宿主之间的病原体遗传多样性推断传播。病原体基因组学的一个中心特征是，受感染个体内不同的感染颗粒（病毒、细菌细胞等）可能具有不同的遗传特性，感染颗粒之间的关联模式是宿主内进化和从一个宿主向另一个宿主传播的结果。在这里，我们提出了一种新的软件工具，phyloscanner，它可以分析来自多个受感染宿主的病原体多样性。phyloscanner对传输过程提供了前所未有的分辨率，允许仅从序列数据推断传输方向。此外，还发现了多重感染的个体，因为它们含有与宿主内进化无关的感染性微粒子亚群，除非出现重组型。低水平的污染被标记并清除。我们对病毒和细菌病原体进行了藻毒素扫描，即HIV-1在Illumina和Roche 454平台上测序，HCV在Oxford Nanopore MinION平台上测测序，肺炎链球菌在每个个体的多个菌落中测序。可从https://github.com/BDI-pathines/phyloscanner。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5850600/ 源代码： https://github.com/BDI-pathines/phyloscanner 相关软件： 边界聚合;叶绿素;SimPhy公司;卢比;猿;R（右）;BG法扎德;社交混合器;配电盘Pomp;树空间;github;图形;植物篱笆;浮夸;JStatCom公司 引用于： 2文件 全部的 前5名7位作者引用 1 杰克·卡森 1 哈维尔·迪德洛 1 马丁·埃什内尔 1 卢卡·费雷蒂 1 Halloran，M.伊丽莎白 1 爱丽丝·莱达 1 菲利普·奥尼尔。 2篇连载文章中引用 1 Oberwolfach报告 1 理论生物学杂志 在4个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文