路径2模型 swMATH编号： 29332 软件作者： Büchel F、Rodriguez N、Swainston N、Wrzodek C、Czauderna T、Keller R、Mittag F、Schubert M、Glont M、Golebiwski M、vanáIersel M、Keating S、Rall M、Wybrow M、Herjakob H、Hucka M、Kell DB、Müller W、Mendes P、Zell A、Chaouiya C、Saez-Rodriguez J、Schreiber F、Laibe C、Dräger A、Novére NL 描述： Path2Models：根据生化途径图大规模生成计算模型。背景：系统生物学项目和组学技术导致了越来越多的生化途径模型和重建。然而，大多数这些模型仍然是基于文献挖掘和路径数据的手动处理从头创建的。结果：为了提高模型创建的效率，Path2Models项目使用一套免费软件从路径表示中自动生成了数学模型。数据源包括KEGG、BioCarta、MetaCyc和SABIO-RK。根据源数据，提供了三种类型的模型：动力学模型、逻辑模型和基于约束的模型。来自2600多个生物体的模型在SBML中进行了一致编码，并可通过BioModels数据库免费获取，网址为http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/path2models。每个模型都包含参与者列表、他们的交互、相关的数学结构和初始参数值。大多数模型也可以作为易于理解的图形SBGN地图提供。结论：到目前为止，该项目已经产生了超过14万个免费提供的模型。这样的资源可以通过提供用于模拟和分析的初始启动模型来极大地加速数学模型的开发，这些模型可以随后进行策划和进一步参数化。 主页： https://bmcsystbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1752-0509-7-116 相关软件： PRMLT公司;SINDy公司;SUNDY混合动力;github;特别行政区;KLU公司;法托德;RegulonDB公司;GeneNetWeaver;SIRENE公司;矩阵eQTL;NOMAD公司;SOSlib公司;拉西;BioPreDyn试验台;MMG公司;sgnesR公司;GeNGe公司;SGN模拟;IntaRNA 引用于： 4文件 全部的 前5名被9位作者引用 2 史蒂文·布鲁顿。 2 J.Nathan Kutz 2 尼尔·曼根（Niall M.Mangan）。 2 约书亚·L·普罗克托。 1 特拉维斯·阿斯坎 1 维安·胡恩·图恩 1 B.E.奥基。 1 马克·罗塞尔。 1 吉多·桑吉内蒂 3篇连载文章中引用 2 伦敦皇家学会会刊。A.数学、物理和工程科学 1 自然现象的数学建模 1 分子生物学方法 全部的 前5名在7个字段中引用 2 动力系统和遍历理论（37至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 常微分方程（34-XX） 1 统计学（62-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 经典热力学，传热（80-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文