SGN Sim卡

随机模拟遗传网络。我们提出了SGNSim,“随机基因网络模拟器”,它是一个模拟基因调控网络(GRN)的工具,其中转录和翻译被建模为多个时滞事件,其动力学由能够处理多个时延事件的随机模拟算法(SSA)驱动。延迟可以从几个分布和反应速率从复杂函数或物理参数。SGNSim可以在一组用户定义的参数(例如拓扑)内生成grn的集合。它也可以用来模拟特定的grn和化学反应系统。干扰,如基因缺失,过度表达,复制和突变,也可以建模。作为例子,我们提出了一个受扰动的无合作结合的拨动开关模型,一个由负反馈机制控制膜交叉的分室环境中的反应系统,以及基于酵母转录网络的模拟。可用性:SGNSim程序、说明和示例,请访问www.ucalgary.ca/aribeiro/SGNtheSim/SGNtheSim.html。