SGN Sim卡

随机模拟遗传网络。我们提出了SGNSim，“随机基因网络模拟器”，它是一个模拟基因调控网络（GRN）的工具，其中转录和翻译被建模为多个时滞事件，其动力学由能够处理多个时延事件的随机模拟算法（SSA）驱动。延迟可以从几个分布和反应速率从复杂函数或物理参数。SGNSim可以在一组用户定义的参数（例如拓扑）内生成grn的集合。它也可以用来模拟特定的grn和化学反应系统。干扰，如基因缺失，过度表达，复制和突变，也可以建模。作为例子，我们提出了一个受扰动的无合作结合的拨动开关模型，一个由负反馈机制控制膜交叉的分室环境中的反应系统，以及基于酵母转录网络的模拟。可用性：SGNSim程序、说明和示例，请访问www.ucalgary.ca/aribeiro/SGNtheSim/SGNtheSim.html。

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zbMATH参考文献（参考 8篇文章 参考）

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  1. Sanguinetti，Guido（编辑）；Huynh Thu，V–n Anh（编辑）：基因调控网络。方法和方案（2019年）
  2. Ballarini，Paolo；Duflot，Marie:表达统计模型检验方法在遗传电路分析中的应用（2015）
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  4. Martins，Leonardo；Mäkelä，Jarno；Häkkinen，Antti；Kandhavelu，Meenakshisundaram；Yli Harja，Olli；Fonseca，JoséM；Ribeiro，Andre S.：紧密间隔启动子的转录动力学，一次一个事件（2012）
  5. Ribeiro，Andre S.：基因表达和调控的随机和延迟随机模型（2010）
  6. Dai，Xiaofeng；Healy，Shannon；Yli Harja，Olli；Ribeiro，Andre S.：通过调节拨动开关中蛋白质的功能来调节细胞分化模式和单细胞动力学（2009）
  7. Ribeiro，Andre S.；Dai，Xiaofeng；Yli Harja，Olli:由多能延迟随机开关调节的分化途径选择分布的可变性（2009）
  8. Andre S.Ribeiro；Lloyd Price，Jason:Sgn sim，随机遗传网络模拟器（2007）ioport公司