基因蜘蛛

基因蜘蛛-基因调控网络推理基准与控制网络和数据属性。在网络推理中,一个尚未得到正确回答的关键问题是给定的生物数据集和推理方法的准确度是多少。我们提出了GeneSPIDER-一个Matlab软件包,用于调整、运行和评估推理算法,允许独立控制网络和数据属性,从而实现数据驱动的基准测试。GeneSPIDER最适合解决这个问题,它首先从实验数据中提取显著特性,然后生成与这些特性密切匹配的模拟网络和数据。它支持数据驱动的算法选择,从生物数据中估计推理精度,以及更多方面的基准测试。包括设计微扰实验、自举、线性相关性分析、样本选择、信噪比缩放和性能评估的通用管道。使用GeneSPIDER,我们的目标是将网络推理基准测试的目标从简单的性能度量转移到更深入的理解如何由网络和数据属性的不同组合决定算法的准确性。