dmGWAS公司 swMATH ID: 29291 软件作者： 贾平，郑S，龙J，郑伟，赵Z。 描述： dmGWAS：蛋白质-蛋白质相互作用网络中全基因组关联研究的密集模块搜索。动机：全基因组关联研究（GWAS）最近取得的成功引发了一个重要问题，即如何检测单个标记/基因以外的遗传信号，以探索它们在介导复杂疾病和性状方面的联合作用。最近，GWAS关联数据与先前知识数据库和蛋白质组研究数据的集成测试受到了关注。这些方法有望全面检查复杂疾病发病机制中基因之间的相互作用。方法：在这里，我们提出了一种密集模块搜索（DMS）方法，通过将GWAS数据集的关联信号集成到人类蛋白-蛋白质相互作用（PPI）网络来识别复杂疾病的候选子网络或基因。DMS方法广泛搜索GWAS数据集中富含低P值基因的子网络。与基于路径的方法相比，该方法在定义基因集时引入了灵活性，并且可以有效地利用局部PPI信息。结果：我们在一个R包中实现了DMS方法，它也可以评估和图形化地表示结果。我们在两个GWAS数据集中证明了DMS用于复杂疾病，即乳腺癌和胰腺癌。对于每种疾病，DMS方法成功地确定了一组重要的模块和候选基因，包括GWA研究的单标记分析中未检测到的一些研究良好的基因。功能富集分析和与先前发表的方法的比较表明，我们通过DMS鉴定的基因具有较高的关联信号。可用性：dmGWAS软件包和文档可在http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/dmGWAS.html。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3008643/ 相关软件： 字符串；艾根斯特拉；哈普根2号机组；戴维；动态记录仪；gplots（gplots）；黑人；矩阵数据库；内部数据库；HuPho公司；miRNet（miRNet）；小队；吉梅纳；线索GO；全球气候变化评估；雷德（Rede R）；字符串db；阿尼莫；PRS公司；网络同步 引用于： 3文件 全部的 前5名6位作者引用 1 阿尔贝托·桑托斯·德尔加多 1 林喜红 1 普拉迪普塔·马吉 1 苏什米塔·保罗 1 瑞安·孙 1 路易丝·冯·斯特肖 3篇连载文章中引用 1 美国统计协会杂志 1 自然计算 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文