卡西姆

3.1 KaSim引擎:KaSim是用KAPPA编写的基于规则的模型的随机模拟器[13,12,14]。KaSim以一个或多个Kappa files为输入,生成各种观测值的随机轨迹。KaSim实现了Danos等人的隐式状态模拟算法[10],该算法将Gillespie的算法[21,22]应用于基于规则的模型。模拟事件对应于对当前图形(也称为混合)应用Kappa文件中包含的重写规则。在每一步,下一个事件的选择概率与它所属规则的速率成正比。如果没有事件,也就是说,如果所有规则都不适用于系统的当前状态,则会出现死锁。请注意,一个给定的规则通常会以多种不同的方式应用;有人说它有许多实例。规则的活动性是其在当前混合中的实例数乘以其速率。因此,下一个事件与给定规则关联的概率与规则的活动成正比。每一步都会更新规则活动(见图3.1)。重要的是,模拟事件的成本由一个常数限定,该常数与应用于它的图的大小无关[10]。