石斑鱼

gropper:改进的从头转录组分析的基于图的聚类和注释。Grouper是一个用于聚类和注释从头转录组集合的contigs的工具。Grouper有两个主要模块:聚类模块和标记模块。前一种rap工具是基于sail-rap-stream而设计的。它依赖于这些工具计算的片段等价类、孤立读映射和量化信息,以确定程序集中的contig如何潜在地相关,并相应地对它们进行聚类。石斑鱼的标记模块能够将来自近缘物种的注释基因组的信息合并到从头组装中注释contigs。因此,Grouper的不同模块能够有效地利用来自多个源的信息来准确地聚类和注释来自转录组集合的contigs。