副帆

parasail:成对序列比对库。parasail是一个SIMD C(C99)库,包含Smith Waterman(局部)、needeman-Wunsch(全局)和各种半全局成对序列对齐算法的实现。这里,半全局意味着在查询或目标序列的开始或结束之前的插入是可选的,不受惩罚。parasail实现了矢量化成对序列比对的大多数已知算法,包括对角线[Wozniak,1997]、blocked[Rognes and Seeberg,2000]、striped[Farrar,2007]和前缀扫描[Daily,2015]。因此,除了在当今最先进的cpu上提供迄今为止性能最好的算法的实现之外,parasail还是这些算法的参考实现。parasail目前在三种变体中实现上述算法,1)返回对齐分数和结束位置,2)另外返回对齐统计信息(精确匹配的数量、相似性的数量和对齐长度),以及3)存储回溯以供以后检索的SAM雪茄字符串的函数。这三种变体的存在是因为parasail的目的是实现高性能;计算额外的统计数据或回溯比简单地计算对齐分数要慢。选择适合您的实施需求。