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虚拟叶

swMATH ID: 28766
软件作者: Merks,R.、Guravage,M.、Inzé,D.、Beemster,G
描述: VirtualLeaf:一个基于细胞的植物组织生长和发育建模的开源框架。植物器官,包括叶和根,是通过基因调控、模式化细胞分裂和细胞膨胀以及组织力学之间的多级交互作用而发育的。多级调控机制使经典的分子遗传学或功能基因组学方法复杂化,因为这些方法隐含地假设了整个植物或器官水平上基因和性状之间的直接关系。相反,理解基因功能需要深入了解基因产物在调控网络中的作用、基因表达的条件等。这种相互作用不可能凭直觉理解。数学和计算机建模允许研究人员设计新的假设,并产生可通过实验验证的见解。然而,所需的数学和编程经验使得实验生物学家很难进行建模。解决问题的环境提供了建立模拟所需的硅对象(“细胞”、“调节网络”)的生物直观性,并用熟悉的生物术语将其呈现给用户。在这里,我们介绍了用于植物组织形态发生的基于细胞的计算机建模框架VirtualLeaf。当前版本定义了一组生物直观的C++对象,包括细胞、细胞壁以及扩散和反应的化学物质,为构建发育过程的生物模拟提供了有用的抽象。我们将逐步介绍如何使用VirtualLeaf构建模型,并提供叶片脉序和分生组织发育的基本示例模型。基于VirtualLeaf的模型为植物研究人员提供了一种在生长和模式的生物物理学背景下分析发育基因功能的方法。VirtualLeaf是一个正在进行的开源软件项目(http://virtualleaf.googlecode.com)在Windows、Mac和Linux上运行的。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3032457/
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