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方法CP

swMATH ID: 28729
软件作者: 博英宫;伊丽莎白·普多姆
描述: 方法CP:利用变化点模型进行差异甲基化区域检测。全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)提供了整个基因组甲基化的精确测量,但在确定不同条件下甲基化差异区域(DMR)方面存在挑战。已经开发了许多方法,主要侧重于两组比较的设置。我们为WGBS数据开发了一种DMR检测方法MethCP,它适用于除两组比较之外的广泛实验设计,例如时间进程数据。MethCP基于变化点检测来识别DMR,该方法自然地分割基因组并提供区域级差异分析。对于简单的两组比较,我们表明,在精确检测模拟数据集和拟南芥数据集上的完整DM区域方面,我们的方法优于已开发的方法。此外,我们还表明,MethCP能够检测效果尺寸较小的宽区域,这在某些设置中很常见,但现有技术在检测此类DMR方面较差。我们还证明了MethCP在拟南芥种子萌发过程中甲基化后用于另一个数据集的时间进程数据。可用性:MethCP包已提交给Bioconductor,目前可在https://github.com/boyinggong/MethCP。
主页: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-17083-7_5
源代码:  https://github.com/boyinggong/MethCP
依赖项: R(右)
相关软件: 甲基试剂盒;B光滑;HMM-DM公司;HMM-Fisher公司;蛋氨酸;github
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