基因优化器 swMATH ID: 28665 软件作者： David Raab、Marcus Graf、Frank Notka、Thomas Schödl、Ralf Wagner 描述： GeneOptimizer算法：使用滑动窗口方法处理多参数DNA序列优化中的巨大序列空间。从头合成基因的主要优点之一是，它使研究人员摆脱了使用天然模板的任何限制。为了最大限度地利用这一机会，需要高效的算法来计算编码序列，以最佳方式结合不同的要求，例如适应密码子的使用或避免限制位点。我们提出了一种算法，其中覆盖多个氨基酸位置的“变化窗口”沿着编码序列滑动。构建候选序列，包括已优化的完整序列部分和窗口内代表氨基酸的所有可能的同义密码子组合。用质量函数评估候选序列，并固定最佳候选变异窗的第一密码子。随后，窗口移动了一个密码子位置。作为实现该算法的可自由访问软件的一个例子，我们介绍了Mr.Gene网络应用程序。此外，还展示了该算法的两个实验应用。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2955205/ 相关软件： 基因设计师;优化器;尤金;GASCO公司;合成基因设计师;COStar公司;GeMS公司;JCat公司;UpGene公司;SSW库;肌肉 引用于： 1文件 4位作者引用 1 邓日强 1 刘、小武 1 王金文 1 王勋章 连载1篇 1 理论生物学杂志 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文