稳健扫描 swMATH编号： 28106 软件作者： 张庆润；克里斯·泰勒-史密斯（Chris Tyler-Smith）；龙，权 描述： 扩展Tajima的D中性测试，包含SNP调用和插补不确定性。为了从群体遗传变异模式中留下的足迹中识别进化事件，人们使用了许多统计框架，包括中性测试。在当前高通量测序和基因分型平台的数据集中，在许多分离位点存在缺失数据和低置信SNP调用是常见的。然而，中立性测试的传统统计框架不允许这些可能性；因此，处理缺失数据的通常方法是忽略具有缺失/低置信度调用的分离位点，而不管其他个体在这些位点上的SNP调用是否良好。在这项工作中，我们提出了一种改进的中立性测试，扩展Tajima的D，它包含了缺失数据和SNP调用不确定性。因为我们没有指定任何特定的错误生成机制，所以这种方法是健壮的，并且广泛适用。仿真结果表明，在大多数情况下，在相同的I型误差下，新测试的性能优于原Tajima的D。实际数据的应用表明，它检测到的与低质量数据相关的离群值更少。可下载的可执行文件和文档可以在google-code:url上找到{https://code.google.com/p/robust-scan/}。 主页： https://code.google.com/archive/p/robust-scan/ 关键词： 缺失基因型;下一代测序;缺少数据;异常值 相关软件： 引用于： 1文件 标准文章 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 扩展Tajima的D中性测试，包含SNP调用和插补不确定性。 Zbl 1405.62222号张庆润;克里斯·泰勒-史密斯;龙、泉 2015 3位作者引用 1 龙，权 1 克里斯·泰勒-史密斯 1 张庆润 连载1篇 1 统计及其接口 在1个字段中引用 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文