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iRSpot-Pse6NC

swMATH ID: 27677
软件作者: Yang,H。;邱伟荣。;刘,G。;郭,F.-B。;Chen,W。;周,K.-C。;Lin,H。
描述: iRSpot-Pse6NC:通过将六聚体成分并入普通PseKNC,识别酿酒酵母中的重组点。减数分裂双链DNA断裂引起的减数分裂重组。在某些区域,DNA重组的频率相对较高,而在其他区域,频率较低:前者通常称为“重组热点”,而后者称为“重新组合冷点”。热点和冷点的信息可能为理解基因组革命的机制提供重要线索。因此,准确预测这些斑点非常重要。在本研究中,我们通过统一具有相同长度(131 bp)的样本来重建基准数据集。在此基础上,利用支持向量机(SVM)分类器,通过二项式分布方法将关键六聚体特征合并到通用PseKNC(伪K元组核苷酸组成)中,开发了一种新的预测器“iRSpot-Pse6NC”。通过严格的交叉验证发现,所提出的预测因子在总体准确性、稳定性、敏感性和特异性方面优于其对应物。为了方便大多数实验科学家,iRSpot-Pse6NC的网络服务器已经建立在http://lin-group.cn/server/iRSpot-Pse6NC用户无需经过详细的数学方程即可轻松获得所需的结果。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6036749/
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