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iRO-3wPseKNC

swMATH ID: 27669
软件作者: 刘,B。;翁,F。;黄,D.-S。;周,K.-C。
描述: iRO-3wPseKNC:通过三个基于窗口的PseKNC识别DNA复制源。动机:DNA复制是遗传信息传递的关键,它是从复制起源开始的。识别复制起源对于理解DNA复制机制至关重要。虽然提出了几个有区别的计算预测因子来识别酵母物种的DNA复制起源,但它们只能用于识别复制起源的极小部分(250或300 bp)。此外,现有的预测因子都无法成功捕获实验观察报告的酵母物种的“GC不对称偏差”。因此,他们的力量如此有限也就不足为奇了。为了掌握CG不对称特征并使预测能够覆盖酵母物种的整个复制区域,我们开发了一种新的预测因子“iRO-3wPseKNC”。结果:对四种酵母(酿酒酵母、波姆裂殖酵母、乳酸克鲁维酵母和巴斯德毕赤酵母)的基准数据集进行严格交叉验证表明,所提出的预测因子对预测整个DNA复制起源非常有效。可用性和实现:iRO-3wPseKNC预测器的web服务器位于http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/iRO-3wPseKNC/用户无需仔细阅读数学细节即可轻松获得所需结果。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29684124
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