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iRNA-3类型A

swMATH ID: 27660
软件作者: Chen,W。;冯·P。;Yang,H。;丁,H。;Lin,H。;周,K.C
描述: iRNA-3typeA:识别RNA腺苷位点的三种修饰类型。RNA修饰是指核苷酸的化学基团增加或其局部结构改变。了解这些修饰的发生部位对于深入了解生物功能和机制以及治疗一些基因组疾病至关重要。随着后基因组时代产生的RNA序列雪崩,人们提出了许多计算方法来逐一识别各种类型的RNA修饰。然而,到目前为止,还没有开发出任何方法来同时识别几种不同类型的RNA修饰。为了应对这一挑战,我们开发了一个名为“iRNA-3typeA”的预测因子,通过该预测因子,我们可以同时确定RNA中以下三种最常见的修饰的发生位置:(1)N1-甲基腺苷(m1A),(2)N6-甲基腺苷,(3)腺苷-肌苷(a-To-I)。通过对智人和小家鼠转录组的RNA序列进行严格的交叉验证表明,强大的新预测因子取得的成功率相当高。为了方便广大实验科学家,iRNA-3typeA用户友好的网络服务器已在http://lin-group.cn/server/iRNA-3typeA/。预计iRNA-3typeA可能成为基因组分析的有用高通量工具。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5992483/
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