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GLIDE公司

swMATH ID: 27656
软件作者: Kam-Thong,T.,Azencott,C.A.,Cayton,L.,Pütz,B.,Altmann,A.,Karbalai,N.,Sämann,P.G.,Schölkopf,B.,Müller-Myhsok,B。
描述: GLIDE:基于GPU的线性回归检测上位性。由于基因分型技术的最新进展,将表型映射到基因组中的单个位点已成为统计遗传学的标准技术。然而,单基因座作图无法解释复杂性状中的许多表型变异。在这里,我们提出了GLIDE,它将表型映射到成对的遗传位点,并系统地搜索上位相互作用,以揭示这种缺失的遗传力的一部分。GLIDE利用消费级图形卡的计算能力,通过线性回归检测此类交互。这使我们能够对Wellcome Trust Case Control Consortium的七个疾病数据集和每个数据集6小时内的内部海马体积数据进行系统的双焦点映射研究,而目前基于单CPU的方法需要一年多的时间才能完成同一任务。
主页: https://www.karger.com/Article/Pdf/341885(网址:https://www.karger.com/Article/Pdf/341885)
相关软件: FastEpistasis公司;BLR公司;
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1 生物医学期刊

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