米塔吉特

miTarget:使用支持向量机预测microRNA靶基因。背景:MicroRNAs(MicroRNAs,miRNAs)是一种小的非编码rna,在转录后调控中发挥着重要作用。动物miRNAs的功能一般是基于其5′组分的互补性。虽然已经提出了几种计算miRNA靶基因预测方法,但它们在揭示实际靶基因方面仍存在局限性。结果:我们实现了miRNA靶基因预测的支持向量机分类器miTarget。它使用径向基函数核作为支持向量机特征的相似性度量,按结构、热力学和基于位置的特征进行分类。本研究首次介绍了miRNA的后一种特征,反映了miRNA结合的机制。与以往的分类工具相比,支持向量机分类器利用从文献中获得的生物相关数据集产生了更高的性能。我们利用基因本体论(GO)分析预测了miR-1、miR-124a和miR-373的重要功能,并从特征选择实验中揭示了miRNA 5'区域4、5和6位配对的重要性。我们还为程序提供了一个web界面。结论:miTarget是一种可靠的miRNA靶基因预测工具,是支持向量机分类器的成功应用。与以往的工具相比,通过GO分析对其进行预测是有意义的,并且通过更多的训练实例可以提高其性能。

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zbMATH参考文献(参考 4篇文章 参考)

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