VarScan公司 swMATH ID: 27471 软件作者： Kobolt DC、Zhang Q、Larson DE、Shen D、McLellan MD、Lin L、Miller CA、Mardis ER、Ding L、Wilson RK 描述： VarScan是一种检测下一代测序数据中变体（SNP和indels）的工具。新版本（VarScan 2）是用Java实现的，并包含几个新功能：SAM/BAM兼容性。VarScan现在采用SAMtools pileup作为输入，因此它与大多数SAM友好的短读对齐器兼容。有关VarScan已测试的SAM友好对准器的列表，请参阅以下内容。Java实现，提高了性能，并允许VarScan在任何操作系统上运行。SNP、indel和共识呼吁。除了检测变异外，VarScan还根据读取计数和等位基因频率调用一致基因型。体细胞变异检测。给定肿瘤样本和匹配对照的输入，VarScan通过比较读取计数来识别变体并确定其躯体状态（生殖系、体细胞或LOH）。基于外显子的拷贝数更改检测。您还可以使用VarScan 2调用肿瘤样本相对于匹配对照的体细胞拷贝数变化。当肿瘤和正常组织以相同的方案进行捕获和测序时，这种读取深度比较方法对检测局部和大规模CNA非常敏感。 主页： http://massgenomics.org/varscan 源代码： https://github.com/dkoboldt/varscan 相关软件： Samtools公司；Trimmomatic公司；关贸总公司；SNVMix公司；边缘R；BSMAP公司；mrsFAST（快速）；BS搜索器；FASTX公司；快速质量控制；RSEM（RSEM）；STAR公司；顶帽；R（右）；miR基底；BWA公司；B平滑；俾斯麦；甲基编码器；蝴蝶结2 引用于： 7文件 全部的 前5名26位作者引用 2 迈克尔·哈肯伯格 1 阿兰塞（Ana M.Aransay）。 1 吉列尔莫·巴图伦 1 黄益民 1 马滕·贾格尔 1 斯雷拉姆·坎南 1 孔燕 1 刘华平 1 刘江斌 1 吕志宝 1 毛顺福 1 索海尔·穆罕默德 1 JoséL·奥利弗。 1 罗萨里奥·迈克尔·皮罗 1 坎南拉马钱德兰 1 彼得·罗宾逊。 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔，奈亚拉 1 宋伟 1 孙骏 1 谢国忠，David N.C。 1 王佳佳 1 亚历山大·沃尔夫 1 吴伟 1 徐伟觉 1 尹、夏 1 臧卫东 3篇连载文章中引用 1 数学生物科学与工程 1 理论生物学杂志 1 查普曼和霍尔/CRC数学和计算生物学系列 在3个字段中引用 7 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文