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FALCON公司

swMATH ID: 26930
软件作者: 贝克特,S.J。;加利福尼亚州博尔顿。;威廉姆斯,H.T。
描述: FALCON:一个分析二元网络嵌套性的软件包。嵌套是一种用于解释多种生态和进化环境中的二元交互作用数据的统计度量,例如生物地理学(种-地关系)和物种交互作用(植物-花粉粒和宿主-寄主网络)。已经使用了多种方法来评估嵌套性,这些方法在确定嵌套性指标的方式上有所不同。此外,还使用了几种不同的零模型来计算嵌套分数的统计显著性。大量的度量和零模型(其中许多给出了相互矛盾的结果)对于不同研究之间嵌套性的比较是有问题的。我们开发了FALCON软件包,以便使用从当前文献中选择的更流行的度量和零模型,轻松高效地比较给定输入网络的嵌套分数和统计意义。FALCON目前包括二进制网络嵌套的六个度量和五个零模型,以及加权网络嵌套的两个度量和四个零模型。FALCON软件设计为高效且易于使用。FALCON代码以三种语言(R、MATLAB、Octave)提供,设计为模块化和可扩展,使用户可以通过添加进一步的度量和空模型轻松扩展其功能。FALCON提供了一种稳健的方法,用于使用多个度量和零模型比较给定二方网络中嵌套的强度和重要性。它包括一种“自适应集成”方法,用于在计算统计显著性时减少零分布的欠采样。它可以使用二进制或加权输入网络。FALCON是对文献中不同嵌套度量和相关零模型扩散的回应。它允许使用不同的方法轻松高效地计算嵌套分数和统计意义,从而能够比较不同研究的结果,从而支持对不同生物学背景下嵌套的原因和含义的理论研究。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4244763/
源代码:  https://github.com/sjbeckett/FALCON
相关软件: TIIREC公司;细胞癌抗原;鲁万将军
引用于: 1出版物

3位作者引用

1 任卓明
1 曾,安
1 张一成

连载1篇

1 物理报告

按年份列出的引文