DNA swMATH ID: 26923 软件作者： Gill，R.、Datta，S.、Datt，S。 描述： 微阵列数据差异网络分析的统计框架。众所周知，基因并不是单独起作用的；相反，基因群在生物过程中协同作用。因此，基因的表达水平是相互依赖的。检测这种相互作用的基因对的实验技术已经存在了很长一段时间。随着微阵列技术的出现，人们提出了新的计算技术来检测基因表达之间的这种相互作用或关联，从而形成关联网络。虽然大多数微阵列分析寻找差异表达的基因，确定整个关联网络结构如何在两种或多种生物环境（例如正常细胞类型与疾病细胞类型）之间变化，具有潜在更大的意义。结果：我们提供了在两种实验条件下对微阵列数据构建的网络进行差异分析的方法。我们方法的核心是一个连接度得分，它表示两个基因之间的遗传关联或相互作用的强度。我们使用这个分数为以下每一个查询提出正式的统计测试：（i）两个网络的整体模块结构是否不同，（ii）一组特定的“有趣基因”在两个网络之间的连接性是否发生了变化，以及（iii）给定单个基因在两个网络之间的连接是否发生了变化。提供了该分数的一些示例。我们在两类模拟数据上实现了我们的方法：高斯网络和基于微分方程的网络。我们表明，对于连接分数和调优参数的适当选择，我们的方法在模拟数据上运行良好。我们还分析了一组真实的数据，包括正常小鼠和重小鼠，并确定了一组有趣的基因，这些基因可能在肥胖中起关键作用。结论：检查网络结构的变化可以提供有关潜在生化途径的有价值信息。具有适当连接性得分的差分网络分析是探索不同生物条件下网络结构变化的有用工具。我们的测试的R包可以从补充网站下载http://www.somnathdatta.org/Supp/DNA。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2838870/ 源代码： https://github.com/cran/DNA 依赖项： 对 相关软件： 玻璃制品；HdBCS公司；WGCNA公司；自适应MT；AdaPT公司；嗯，顺序；修拉；全球麻省理工学院；桅杆；TAD宾德先生；弹弓；SNN-Cliq公司；CIDR公司；ToppGene套件；GenClust公司；丁戈；范围；风景；真诚；补充条款3 引用于： 10文件 全部的 前5名32位作者引用 三 黄显正 三 张红梅 2 哈桑·阿尔沙德 1 凯利·博德温 1 C.崔婷婷 1 蔡天文 1 陈正章 1 Alok N.Choudhary。 1 马蒂亚斯·德梅尔 1 Emmert-Streib，弗兰克 1 关，杭 1 韩胜通 1 威廉·亨德里克斯 1 约翰·霍洛韦（John W.Holloway）。 1 黄海燕 1 威尔弗里德·卡莫斯 1 李静怡杰西卡 1 李乐信 1 诺贝尔，安德鲁B。 1 费萨尔·雷兹万。 1 Nagiza F.萨马托娃。 1 弗雷德里克·塞马齐。 1 石永堂 1 阿里·肖杰伊 1 孙文光 1 艾萨克·泰特。 1 王江洲 1 王鹏飞 1 夏，尹 1 张凯 1 赵森 1 朱文生 全部的 前5名7篇连载文章中引用 三 计算统计与数据分析 2 应用统计学年鉴 1 信息科学 1 美国统计协会杂志 1 统计科学 1 数据挖掘与知识发现 1 贝叶斯分析 在4个字段中引用 8 统计学（62-XX） 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 组合数学（05-XX） 按年份列出的引文