最小有效值 swMATH ID: 26877 软件作者： Jewett，A.I。；黄，C.C。；铁蛋白，T.E。 描述： MinRMS：测定蛋白质相似性的工具。MinRMS是一个程序，用于查找两个蛋白质之间的最小根-平方距离（RMSD）比对，作为启发式有限搜索空间内匹配残基对数量的函数。对齐算法使用字母-碳原子的坐标来表示每个氨基酸残基，需要总计算时间O（m^3n^2），其中m和n表示蛋白质序列的长度。出于实际目的，搜索是详尽的。该方法对于在当前工作站级计算机上比较中等大小的蛋白质（少于800个残基）来说足够快，因此可以使用广泛接受的比较指标系统分析两种蛋白质之间的多种看似合理的形状相似性。MinRMS生成一系列比对，作为匹配残基对数量的函数。也就是说，对于序列长度为n和m（n>=m）的两个蛋白质，将存在m个最佳RMSD比对。我们开发了一个可视化工具AlignPlot，以便于探索这一潜在的大量路线。这样的图形用户界面为探索线形空间提供了一种简便的方法，并解决了其他人提出的问题，他们认为找到单一的“最佳”结构线形并不总是容易的，甚至是不可能的。下图显示了使用minRMS对谷氨酰胺合成酶（GS）和肌酸激酶（CK）进行结构比较的结果。虽然GS和CK没有显著的序列相似性，但这两种酶都具有多聚体形式，提出了类似的三级结构，并催化了涉及ATP的类似反应。下图显示了AlignPlot和相关程序MSFviewer、Cluster和Chimera的用户界面。 主页： http://www.rbvi.ucsf.edu/Research/projects/minrms/ 相关软件： EzyPred公司;信号-3L;信号-CF;位置传感器;帕杰克;TM-对齐 引用于： 1文件 4位作者引用 1 Zakharia M.Frenkel。 1 Zeev M.Frenkel。 1 萨吉·斯尼尔 1 爱德华·特里夫诺夫。 连载1篇 1 理论生物学杂志 在2个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文