GNBSL公司

GNBSL:一个预测革兰氏阴性菌蛋白质亚细胞位置的新整合系统。本文针对革兰氏阴性菌蛋白质,提出了一种新的亚细胞定位整合系统(GNBSL——革兰氏阴性菌亚细胞定位)。首先,系统通过搜索Swiss Prot数据库,为每个蛋白质序列生成一个位置特异频率矩阵(PSFM)和位置特异性评分矩阵(PSSM)。然后通过四个模块从PSFM和PSSM中提取不同的特征。其特征包括全序列氨基酸组成、N端和C端氨基酸组成、二肽组成和片段组成。采用四种概率神经网络(PNN)分类器对这些模块进行分类。为了进一步提高系统性能,在系统中增加了两个支持向量机训练模块。一个模块从氨基酸序列中提取残基偶分布,另一个模块采用成对轮廓比对核来度量每两个序列之间的局部相似性。最后,利用一个附加的支持向量机对六个模块的输出进行融合。在基准数据集上的测试表明,GNBSL的总体成功率高于PSORT-B、CELLO和PSLpred。可以从http://166.111.24.5/webtools/GNBSL/index.htm访问web服务器GNBSL。