哼哼

Hum-PLoc:一种预测人类蛋白质亚细胞定位的新集成分类器。预测人类蛋白质的亚细胞定位是一个具有挑战性的问题,尤其是当未知的查询蛋白质与已知亚细胞位置的蛋白质没有显著的同源性时,以及当需要覆盖更多的位置时。为了应对这一挑战,蛋白质样本通过基因本体(GO)数据库和两亲性伪氨基酸组成(PseAA)的杂交来表达。基于这种表示框架,通过投票系统融合多个基本个体分类器,开发了一种新的集成分类器Hum-PLoc。这些基本分类器的“引擎”由KNN(K-最近邻)规则操作。为了证明这一点,我们在以下12个位置对人类蛋白质进行了集成分类器测试:(1)中心粒;(2)细胞质;(3)细胞骨架;(4)内质网;(5)细胞外;(6)高尔基体;(7)溶酶体;(8)微粒体;(9)线粒体;(10)细胞核;(11)过氧化物酶体;(12)质膜。为了消除冗余和同源性偏差,这里研究的蛋白质中没有一个与同一亚细胞位置的任何其他蛋白具有>或=25%的序列一致性。经刀交叉验证试验和独立数据集检验的总成功率分别为81.1%和85.0%,比其他现有方法在同样严格的数据集上的总成功率高出50%以上。此外,还对新预测器获得的绝大多数高成功率并非因为GO注释的简单利用而进行了深入而引人注目的分析。这是因为,对于瑞士Prot数据库中有“亚细胞位置未知”注释的蛋白质,GO数据库中大多数(99%以上)对应的GO编号也被标注为“细胞成分未知”。预测蛋白质亚细胞位置的信息和线索实际上被埋没在一系列乏味的GO数字中,就像它们被埋没在一堆复杂的氨基酸序列中一样,尽管方式和深度不同。为了挖掘出它们的位置信息,需要一个复杂的操作引擎。而电流预测器就是其中之一,并且被证明是一个非常强大的预测器。Hum-PLoc分类器作为web服务器提供,网址为http://202.120.37.186/bioinf/Hum。


zbMATH参考文献(24篇文章引用)

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按年份排序(引用)
  1. Ahmad,Jamal;Hayat,Maqsood:MFSC:采用Chou's PseAAC成分的一般形式对高尔基蛋白进行分类的基于多投票的特征选择(2019年)
  2. Khan,穆斯林;Hayat,Maqsood;Khan,Sher Afzal;Ahmad,Saeed;Iqbal,Nadeem:Bi-PSSM:基于位置特异性评分矩阵的分枝杆菌膜蛋白识别智能计算模型(2017)
  3. Khan,Zaheer Ullah;Hayat,Maqsood;Khan,Muazzam Ali:使用Chou的伪氨基酸组成结合概率神经网络模型识别酸性和碱性酶(2015)
  4. Zhao,Xiaowei;Zhang,Jian;Ning,Qiao;Sun,Pingping;Ma,Zhiqiang;Yin,Minghao:使用bi-profile Bayes特征提取和集成学习识别蛋白质蛹化位点(2013)ioport公司
  5. Hayat,Maqsood;Khan,Asifullah:通过杂交SAAC和PSSM预测膜蛋白类型(2012)
  6. Jahandideh,Samad;Srinivassainagendra,Vinodh;Zhi,Degui:RNA结合蛋白结构域的综合比较分析和识别:多类分类和特征选择(2012)
  7. 梅素玉:基于PseAAC公式的多标记同源知识转移学习预测植物蛋白质亚细胞多定位(2012)
  8. 梅素玉:基于周氏PseAAC公式的多核转移学习用于蛋白质亚线粒体定位(2012)
  9. 周国臣_ : _蛋白质_属性_预测_与_伪_氨基酸_组成_ ( _2011_ )_
  10. Khan,Asifullah;Majid,Abdul;Hayat,Maqsood:CE-PLoc:通过融合伪氨基酸组成的不同模式预测蛋白质亚细胞位置的集成分类器(2011)
  11. Mei,S.;Wang,F.;Zhou,S.:基于基因本体论的蛋白质亚细胞定位转移学习(2011)ioport公司
  12. 张雅楠;潘晓勇;黄,燕;沈洪斌:从一级序列预测蛋白质相互作用的自适应压缩学习(2011)
  13. Esmaeili,Maryam;Mohabatkar,Hassan;Mohsenzadeh,Sasan:使用Chou的伪氨基酸组成概念预测人乳头瘤病毒的风险类型(2010年)
  14. Anand,Ashish;Suganthan,P.N.:基于支持向量机的多类癌症分类和分类优化基因和概率估计(2009)
  15. 杜普峰;曹圣娇;李彦达:亚氯酸:用伪氨基酸组成预测蛋白质亚叶绿体位置和证据理论(K)-最近邻(ET-KNN)算法(2009)
  16. Perez Bello,Alcides;Munteanu,Cristian Robert;Ubeira,Florencio M.;Lopes De Magalhães,Alexandre;Uriate,Eugenio;González-Díaz,Humberto:基于伪折叠晶格网络或星形图拓扑指数的分枝杆菌DNA启动子无排列预测(2009)
  17. 杨建义;彭振玲;余祖国;张瑞杰;安,沃;王德生:基于混沌博弈表示的递归量化分析预测蛋白质结构类(2009)
  18. 张,李;廖,波;李大超;朱,文:一种基于支持向量机的细胞凋亡蛋白亚细胞定位预测的新方法(2009)
  19. 林浩:用周氏伪氨基酸组成预测外膜蛋白的改良马氏判别式(2008)
  20. 陈颖丽;李倩忠:应用改进杂交方法和伪氨基酸组成预测凋亡蛋白亚细胞定位(2007)