EUK-MPLOC

EUK-MPLOC:融合多个位点的大规模真核蛋白质亚细胞定位预测融合分类器。预测蛋白质亚细胞定位的关键挑战之一是如何处理多个位点的情况。不幸的是,迄今为止,除了在芽殖酵母中只关注蛋白质外,这方面没有做出任何努力。对于大多数现有的预测因子,多个位点蛋白被排除在考虑之外或假设甚至不存在。实际上,蛋白质可以同时存在于两个或多个不同亚细胞位置之间,或在两个或更多个亚细胞位置之间移动。例如,根据瑞士PROT数据库(版本50.7,发布19-SET-2006),在实验观察到的亚细胞位置注释的33925个真核蛋白质条目中,2715具有多个位置位点,意味着大约8%具有多重特征。具有多个位置或动态特征的蛋白质是特别有趣的,因为它们可能有一些非常特殊的生物学功能对研究者在基础研究和药物发现中都很有吸引力。同时,根据相同的瑞士PROT数据库,总的真核蛋白条目(除了用“片段”注释的那些或少于50个氨基酸的条目)的数目是90909个,这意味着(90909—33 925)=56984个条目,它们的亚细胞位置没有知识可循。虽然可以使用计算方法来预测所需的空白信息,到目前为止,所有现有的预测真核蛋白亚细胞定位的方法仅限于单位点位点的情况。为了克服这种障碍,开发了一种新的集成分类器,命名为Euk mPLoc,可以用来处理的情况下,多个地点的网站。Euk mPLoc可以作为一个Web服务器在公众面前自由访问。HTTP://202.120 .37.186/BioFi/Euk多。同时,为了支持在相关领域工作的人们,EUK-MPLOC已被用于识别瑞士PROT数据库中所有没有亚细胞位置注释或注释为不确定的真核蛋白条目。由此获得的大规模结果已通过微软Excel编写的可下载文件被存储在同一网站上,并命名为“TabuEUK”。MPLOX.XLS“。此外,为了包含真核蛋白质的新条目并反映EUK MPLOC在覆盖范围和预测精度上的持续发展,我们将及时更新可下载文件和预测器,并通过在日志中发布短消息并在网页上发布通知来保持用户的知情权。


ZBMaCT中的参考文献(40篇文章中引用)

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按年份排序(引文
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