环境与社会保障局 swMATH编号： 26786 软件作者： 赵润东；王梦伦；童一英；魏国伟 描述： 大规模欧拉溶剂排除表面的分而治之策略。动机：表面生成和可视化是生物分子建模和计算中最重要的任务之一。欧拉溶剂排除表面（ESES）软件在笛卡尔网格中提供分析溶剂排除表面，这是模拟许多生物分子静电和离子通道模型所必需的。然而，在ESES构建中，大生物分子和/或精细网格分辨率会导致过大的内存需求。我们引入了一种外核并行算法来改进ESES软件。结果：本方法大大提高了ESES的时空效率。通过大量生物分子实例的广泛测试，对记忆足迹和时间复杂性进行了分析和实证验证。我们的结果表明，我们的算法可以通过简单的分治策略成功地减少内存占用，从而在典型的商用个人计算机上计算任意大的蛋白质。在多核计算机或集群上，我们的算法可以通过将大部分计算并行化为不相交的子问题来减少执行时间。与最新的基于笛卡尔网格的SES计算进行了各种比较，以验证当前方法，并显示改进的效率。这种方法使ESES成为构建分析溶剂排除表面的强大软件。可用性和实施：http://weilab.math.msu.edu/ESES。 主页： https://weilab.math.msu.edu/ESE网站/ 相关软件： MIBPB公司;产品开发B2PQR;APBS公司;塔比卜;阿普斯梅姆;塔比牌手表;TMSmesh公司;查姆;德尔菲 引用于： 4文件 标准文章 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 大规模欧拉溶剂排斥表面的分治策略赵润东；王梦伦；童一英；魏国伟 2018 全部的 前5名11位作者引用 2 赵珊 1 埃米尔·阿列克索夫 1 陈家辉 1 耿伟华 1 伊贾奥多罗、伊多武·埃丝特 1 伊冯·玛代 1 麦高文，马克 1 权、潮余 1 本杰明·斯坦姆 1 谢克·艾哈迈德·乌拉 1 王思文 3篇连载文章中引用 2 计算物理杂志 1 应用科学中的数学模型与方法 1 信息与系统通信 在5个字段中引用 4 数值分析（65-XX） 3 偏微分方程（35-XX） 3 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 流体力学（76-XX） 1 光学、电磁理论（78-XX） 按年份列出的引文