苹果机 swMATH ID: 26774 软件作者： Matsen，F.A.，R.B.Kodner等人。 描述： pplacer：序列在固定参考树上的线性时间最大似然和贝叶斯系统发育位置。本文介绍了pplacer，一个用于系统发育定位和后续可视化的软件包。该算法可以在每个处理器每小时1000个分类单元的参考树上放置2万个短读，参考分类单元的数量基本上具有线性时间和内存复杂性，并且易于并行运行。Pplacer的特点是计算边缘放置的后验概率，这是一种在边缘-边缘基础上量化不确定性的统计严格方法。它还可以通过计算放置位置之间的预期距离来告知用户查询序列的位置不确定性，这对于使用采样良好的参考树估计不确定性至关重要。该软件提供了使用分支厚度和颜色表示放置数量及其不确定性的可视化效果。一项使用631个COG比对产生的读数进行的模拟研究表明，在广泛的比对多样性范围内，系统发育位置具有较高的准确性，边缘不确定性估计对测量位置置信度的能力也很强。结论：Pplacer可以实现有效的系统发育定位和随后的可视化，使基于lihood的系统发育学方法适用于大量阅读；它可以作为源代码、二进制文件和web服务免费使用。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3098090/ 相关软件： 快速树;蛾;R（右）;MLTreeMap（MLTree地图）;SEPP公司;TIPP公司;嗯UFOTU;环境保护部;PhyloGeoTool;脚背;引入;记分员;ASTRAL-II标准;Phyloseq公司;生物;tripVote（三票）;苹果;EPA-ng公司;PhyloSift公司;稀有的 引用于： 8文件 全部的 前5名17位作者引用 1 史蒂芬·F·阿尔特舒尔（Stephen F.Altschul）。 1 梅廷·巴拉班 1 马里兰州Bayzid Shamsuzzoha 1 雅各布·宾 1 阿维吉特·比斯瓦斯 1 陈军 1 理查德·德斯珀 1 奥利维尔·加斯库埃尔 1 李洪哲 1 西亚瓦什·米拉拉布 1 本·哈桑·纳维德 1 爸爸，米海 1 尼迪沙阿 1 孙骏 1 Tandy J.沃诺。 1 夏英林 1 严小涵 4篇连载文章中引用 1 生物计量学 1 美国统计协会杂志 1 应用统计学年鉴 1 ICSA统计丛书 在4个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 统计学（62-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文