GSHMC公司

GSHMC:一种有效的分子模拟方法。混合蒙特卡罗(HMC)方法是从正则系综中取样的一种普遍而严格的方法。HMC方法基于经典分子动力学模拟,结合Metropolis接受准则和动量重采样步骤。当HMC方法在每个montecarlo步骤后完全重采样动量时,广义混合montecarlo(GHMC)方法可以通过一个部分动量更新步骤来实现。这一特性对于在整个采样过程中保持一些动态信息是可取的,类似于随机Langevin和Brownian动力学模拟。然而,GHMC方法的最终成功在于分子动力学部分的排斥率保持在最小值。否则,在蒙特卡罗样本中观察到一个不理想的Zitterbewegung。在本文中,我们描述了一种利用一种沿分子动力学轨迹保持高阶的修正能量来获得非常低的截留率的方法。修正能量是基于辛时间步进法的后向误差结果。提出的广义阴影混合蒙特卡罗(GSHMC)方法适用于NVT和NPT系综模拟。


zbMATH中的参考文献(参考文献16条,1标准件)

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  1. 拉迪沃耶维ć, 提贾纳;Akhmatskaya,Elena:贝叶斯推断的修正哈密顿蒙特卡罗(2020)
  2. 布拉比,纳瓦夫;桑兹·塞尔纳,J。M、 :几何积分器和哈密顿蒙特卡罗方法(2018)
  3. 拉迪耶夫ć, 提贾纳;蕨类植物ández待定ás、 马里奥;桑兹·塞尔纳,杰斯ú三月ía;Akhmatskaya,Elena:用改进的哈密顿蒙特卡罗方法采样的多级分裂积分器(2018)
  4. 蕨类植物ández待定ás、 马里奥;阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;桑兹·塞尔纳,J。M、 :分子模拟中最佳节能的自适应多级积分器(2016)
  5. 坎波斯,Cédric M。;桑兹·塞尔纳,J。M、 :额外机会广义混合蒙特卡罗(2015)
  6. 埃斯克里巴诺,布鲁诺;阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;帝国,塞巴斯蒂安;Azpiroz,Jon M.:多时间步进广义混合蒙特卡罗方法(2015)
  7. 布拉比,纳瓦夫;多涅夫,亚历山达;Vanden Eijnden,Eric:自伴扩散的大都市一体化方案(2014)
  8. 埃斯克里巴诺,布鲁诺;阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;Mujika,Jon I.:在高效分子模拟中结合随机和确定性方法(2013)
  9. 阿里祖米,娜娜;Bond,Stephen D.:分子动力学平均值离散化误差的估计与修正(2012)
  10. 布拉比,纳瓦夫;Vanden Eijnden,Eric:为类Langevin方程的显式积分器提供无条件稳定性的补丁(2012)
  11. 乐力è呃,托尼;罗塞特,马蒂亚斯;Stoltz,Gabriel:带约束的Langevin动力学和自由能差的计算(2012)
  12. 布拉比,纳瓦夫;Vanden Eijnden,Eric:SDE都市化积分器的路径精度和遍历性(2010)
  13. 阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;布拉比,纳瓦夫;Reich,Sebastian:有和没有动量翻转的广义混合蒙特卡罗方法的比较(2009)
  14. 阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;布拉比,纳瓦夫;Reich,Sebastian:“广义混合蒙特卡罗方法与无动量翻转的比较”勘误表(2009)
  15. 莱姆库勒,本尼迪克特;帝国,塞巴斯蒂安:一个大都市调整后的é-胡佛恒温器(2009)
  16. 阿赫马特斯卡亚,埃琳娜;Reich,Sebastian:GSHMC:一种有效的分子模拟方法(2008)