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GSHMC公司

swMATH ID: 2631
软件作者： 埃琳娜·阿赫马茨卡亚；塞巴斯蒂安·雷奇
说明： GSHMC：一种有效的分子模拟方法。混合蒙特卡罗（HMC）方法是从正则系综中采样的一种常用且严格的方法。HMC方法基于经典分子动力学模拟，结合Metropolis验收标准和动量重采样步骤。当HMC方法在每个蒙特卡罗步骤之后对动量进行完全重采样时，广义混合蒙特卡罗（GHMC）方法可以通过部分动量刷新步骤实现。这一特性似乎有助于在整个采样过程中保持某些动态信息，类似于随机朗之万和布朗动力学模拟。然而，对于GHMC方法的成功来说，分子动力学部分的排斥率保持在最低水平是至关重要的。否则，在蒙特卡罗样本中观察到不希望出现的Zitterbeueggung。在本文中，我们描述了一种通过使用修改的能量来实现极低排斥率的方法，该能量沿分子动力学轨迹保持高阶。修正后的能量基于辛时间步长法的反向误差结果。所提出的广义阴影混合蒙特卡罗（GSHMC）方法适用于NVT和NPT集合模拟。
主页： http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021999108000533
相关软件： 螺母;格鲁马克斯;PyMC公司;斯坦;化学需氧量;UCI-毫升;漏洞;PRMLT公司;MCMCglmm公司;Mcmcpack公司;WinBUGS公司;罗德斯;合卡尔曼滤波;原分子;广场广场;LINCS系统
引用于： 17文件

标准条款

1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份
GSHMC：一种有效的分子模拟方法。 Zbl 1148.82316号
埃琳娜·阿赫马茨卡亚;塞巴斯蒂安·雷奇
2008
全部的 前5名

19位作者引用

8 埃琳娜·阿赫马茨卡亚
7 纳瓦夫·M·布-拉贝。
5 塞巴斯蒂安·赖希
4 桑兹·塞尔纳（Jesús María Sanz-Serna）
三 埃里克·范登·伊恩登
2 布鲁诺·埃斯克里巴诺
2 马里奥·费尔南德斯·彭达斯
2 Tijana Radivojević
1 娜娜·阿里祖米
1 Jon M.Azpiroz。
1 斯蒂芬·邦德。
1 塞德里克·马丁内斯·坎波斯
1 阿列克桑达尔·多涅夫
1 本尼迪克特·雷姆库勒。
1 托尼·莱利耶夫尔
1 乔恩·穆吉卡。
1 马蒂亚斯·罗塞特
1 凯萨琳娜·舒赫
1 加布里埃尔·斯托尔茨
全部的 前5名

10篇连载文章中引用

8 计算物理杂志
1 纯粹数学与应用数学交流
1 计算数学
1 应用数值数学
1 概率电子杂志
1 中欧数学杂志
1 多尺度建模与仿真
1 数字学报
1 欧洲应用和工业数学系列（ESAIM）：数学建模和数值分析
1 统计与计算
全部的 前5名

在8个字段中引用

15 数值分析（65-XX）
8 统计力学，物质结构（82-XX）
7 概率论与随机过程（60-XX）
1 偏微分方程（35-XX）
1 动力系统和遍历理论（37至XX）
1 统计学（62-XX）
1 粒子和系统力学（70-XX）
1 生物学和其他自然科学（92-XX）

按年份列出的引文