GSHMC

GSHMC:一种有效的分子模拟方法。混合Monte Carlo(HMC)方法是从正则系综中采样的一种流行而严谨的方法。HMC方法是基于经典的分子动力学模拟结合大都市接受标准和动量重采样步骤。当HMC方法在每个蒙特卡洛步骤之后完全重新调整动量时,广义混合Monte Carlo(GHMC)方法可以用部分动量刷新步骤来实现。这个属性似乎是保持在整个采样过程中的一些动态信息类似于随机Langevin和布朗动力学模拟。然而,最终的GHMC方法,在分子动力学部分的排斥率保持在最低限度。否则,在蒙特卡洛样品中观察到不希望的Zitterbewegung。在本文中,我们描述了一种方法来实现非常低的拒绝率通过使用修改的能量,这是保持高阶沿着分子动力学轨迹。修正的能量基于辛时步法的向后误差结果。所提出的广义阴影混合Monte Carlo(GSHMC)方法适用于NVT以及NPT集合仿真。


ZBMaX中的参考文献(16篇)1标准条款

显示结果1至16的16。
按年份排序(引文

  1. Tijana RaDeVojeVi,AkHMtSkaya,埃琳娜:贝叶斯推断的改进Hamiltonian Monte Carlo(2020)
  2. Bou Rabee,Nawaf;Sanz Serna,J. M.:几何积分器和哈密顿蒙特卡罗方法(2018)
  3. Tijana RaDeVojeVi;费尔南德斯-彭达斯,马里奥;Sanz Serna,Jes’s Masia;AkHMtaskaa,埃琳娜:用改进Hamiltonian Monte Carlo方法采样的多级分裂积分器(2018)
  4. 费恩南德斯-彭达斯,马里奥;阿克马特斯卡亚,埃琳娜;Sanz Serna,J. M.:分子模拟中最优节能的自适应多级积分器(2016)
  5. 坎波斯,C·E·S·塞纳·塞纳,J. M.:超机会广义混合Monte Carlo(2015)
  6. 埃斯克里巴诺,布鲁诺;阿克马特斯卡亚,埃琳娜;Reich,塞巴斯蒂安;阿兹比洛兹,Jon M.:多重时间步长广义混合蒙特卡罗方法(2015)
  7. Bou Rabee,Nawaf;多诺夫,Aleksandar;Vanden Eijnden,埃里克:自伴扩散的大都市一体化方案(2014)
  8. 埃斯克里巴诺,布鲁诺;阿克马特斯卡亚,埃琳娜;穆吉卡,Jon I.:在高效分子模拟中结合随机和确定性方法(2013)
  9. Arizumi,Nana;邦德,Stephen D.:分子动力学平均中离散化误差的估计和修正(2012)
  10. Bou Rabee,Nawaf;Vanden Eijnden,埃里克:对Langevin型方程给出显式积分器无条件稳定性的一个贴图(2012)
  11. 托尼,鲁塞,马蒂亚斯,斯托尔兹,加布里埃尔:有约束的Langevin动力学和自由能差的计算(2012)
  12. Bou Rabee,Nawaf;Vanden Eijnden,Er:SDES的城市化积分器的路径精度和遍历性(2010)
  13. Akhmatskaya,埃琳娜;Bou Rabee,Nawaf;Reich,塞巴斯蒂安:有无动量翻转的广义混合Monte Carlo方法的比较(2009)
  14. Akhmatskaya,埃琳娜;Bou Rabee,Nawaf;Reich,塞巴斯蒂安:“有无动量翻转的广义混合Monte Carlo方法的比较”(2009)
  15. Leimkuhler,本尼迪克;Reich,塞巴斯蒂安:一个都市调整的诺斯胡佛恒温器(2009)
  16. Akhmatskaya,埃琳娜;Reich,塞巴斯蒂安:GSHMC:一种有效的分子模拟方法(2008)