光谱网

光谱网-光谱图分析和可视化应用。图论为各种数据集的建模提供了一个计算框架,包括基因组学、蛋白质组学和化学遗传学中的数据集。基因、蛋白质、小分子或其他研究对象的网络可以表示为节点(顶点)和相互作用(边)的图,它们可以承载不同的权重。SpectralNET是分析和可视化这些生物和化学网络的灵活应用程序。结果:SpectralNET既可以作为独立的.NET可执行文件,也可以作为ASP.NET的web应用程序使用,SpectralNET是专门为分析图论度量而设计的,这是一项使用当前可用的应用程序不易访问的计算任务。用户可以选择上载网络以使用各种输入格式进行分析,或者让SpectralNET生成一个理想的随机网络,以便与真实世界的数据集进行比较。无论使用哪种图形生成方法,SpectralNET都会显示关于图的每个连接组件的详细信息,包括度分布图、按度的聚类系数图和按度的平均距离图。此外,还显示了关于所选顶点的广泛信息,包括度、聚类系数、各种距离度量以及邻接、拉普拉斯和归一化拉普拉斯特征向量的相应分量。SpectralNET还显示了一些图形可视化,包括上传数据集的线性降维(主成分分析)和非线性降维,它提供了全局图结构的优雅视图(拉普拉斯特征向量)。结论:SpectralNET为数据建模和降维提供了一种简单易用的图论度量分析方法。SpectralNET以.NET应用程序和ASP.NET web应用程序的形式从http://chembank.broad.harvard.edu/resources/公开提供。源代码可根据要求提供。

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数学参考文献

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  1. 捷克语,Wojciech;Dzwinel,Witold;Goryczka,Sławomir;Arodź,Tomasz;Dudek,Arkadiusz Z.:用图形调查员研究应用探索复杂网络(2011)
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