乌舒夫勒

uShuffle:一个有用的工具,可以在保持k-let计数的同时洗牌生物序列。背景:随机洗牌序列通常用于序列分析,以评估生物序列的统计显著性。在许多情况下,生物学家需要复杂的洗牌工具,这些工具不仅要保存不同字母的计数,还要保存更高阶的统计信息,如双倍数、三重态数以及一般的k-let计数。结果:我们提供了一个序列分析工具(uShuffle),用于生成生物序列(如dna、rna和蛋白质)的均匀随机排列,以保持精确的k-let计数。uShuffle工具实现了Euler算法的最新变体,并在树形图生成的关键步骤中使用Wilson算法。它经过精心设计,效率极高。uShuffle工具通过允许任意字母表大小和let大小来实现最大的灵活性。它可以用作命令行程序、web应用程序或实用程序库。提供了C、Java和C的源代码,以及Perl和Python的集成说明。结论:uShuffle工具在性能和灵活性上都优于现有的Euler算法。它是生物信息学界的一个有用的工具。

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zbMATH参考文献(参考

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