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maigesPack(运动包)

swMATH ID: 25800
软件作者: 埃斯特维斯,古斯塔沃·H。;路易斯·赖斯(Luiz F.L.Reis)。
描述: 一种测量基因调控网络激活的统计方法。动机:基因表达数据分析对现代分子生物学具有重要意义,因为我们有能力测量数千个基因的表达谱,并支持基于系统生物学的研究。在这项工作中,我们提出了一个简单的统计模型来测量基因调控网络的激活度,而不是传统的基因共表达网络。结果:我们提出了一种统计程序的数学结构,用于检验有关基因调控网络激活的假设。测试统计量的实际概率分布通过基于排列的研究进行评估。为了说明所提方法的功能,我们还提供了一个简单的示例,该示例基于一个小的假设网络和两个KEGG网络的激活测量,这两个网络均基于从胃和食管样本收集的基因表达数据。还分析了两个KEGG网络的公共数据库,该数据库可通过NCBI-GEO获得,并作为补充材料提供。可用性:此方法是在BioConductor项目网站上名为maigesPack的R包中实现的
主页: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/maigesPack.html
依赖项: R(右)
关键词: 基因调控网络;假设检验;系统生物学
相关软件: R(右);形状记忆合金;GSNCA公司;凯格;WGCNA公司;生物导体
引用于: 1文件

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