PREMER公司 swMATH ID: 25645 软件作者： A.F.维拉弗德。；贝克尔，K。；J.R.班加。 描述： PREMER：推断生物网络的工具。推断未知细胞网络的结构是计算生物学的主要挑战。基于信息论的数据驱动方法可以自动确定网络节点之间是否存在交互。然而，对某些特征的解释——例如区分直接和间接的相互作用或确定因果联系的方向——需要在多维空间中估计信息理论量。这可能是一项计算要求很高的任务，对于将复杂算法应用于大规模网络推理问题来说，这是一个瓶颈。通过使用编译程序和并行化，可以降低此类计算的计算成本。为此，我们开发了PREMER（具有相互信息和熵减少的并行逆向工程），这是一个可以在并行和顺序环境中运行的软件工具箱。它使用信息论标准来恢复网络拓扑并确定交互的强度和因果关系，并允许合并先验知识、输入缺失数据和纠正异常值。PREMER是一个免费的开源软件工具，不需要任何商业软件。其核心算法用FORTRAN 90编程，并实现OpenMP指令。它具有Python和MATLAB/Octave的用户界面，并在Windows、Linux和OSX上运行(https://sites.google.com/site/premertoolbox网站/). 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28981423 相关软件： GeneNetWeaver;hiPathDB;DREAM工具;克林戈 引用于： 1文件 5位作者引用 1 埃姆纳·本·阿卜杜拉 1 井上，Katsumi 1 摩根·马根 1 托尼·里贝罗 1 Olivier F.鲁克斯。 连载1篇 1 算法 在3个字段中引用 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文