Rassoc公司 swMATH ID: 25402 软件作者: 永藏;永丰;郑刚(音译) 描述: R病例对照遗传关联研究中计算稳健检验渐近零分布的简单算法。病例对照研究是检验遗传标记与疾病之间关联的重要设计。Cochran-Armitage趋势检验(CATT)是病例对照遗传关联研究分析中最常用的统计学方法之一。当基础遗传模型(遗传模式)已知时,可以使用渐近最优CATT。然而,对于大多数复杂疾病,潜在的遗传模型尚不清楚。因此,对遗传模型错误指定稳健的测试优于模型依赖型CATT。最近提出了两种稳健测试,MAX3和遗传模型选择(GMS)。它们的渐近零分布通常是通过Monte-Carlo模拟获得的,因为它们要么尚未被充分研究,要么涉及多重积分。在本文中,我们研究了每个稳健统计的组成部分是如何相关的,并发现组成部分之间存在线性相关性。利用这一新发现,我们提出了计算MAX3和GMS的渐近零分布的简单算法,大大降低了计算强度。此外,我们还开发了R包Rassoc来实现所提算法,以计算MAX3和GMS的经验和渐近p值,以及病例对照关联研究中的其他常用测试。为了举例说明,Rassoc被用于分析四项全基因组关联研究中报告的17个最重要SNP的病例对照数据。 主页: https://www.jstatsoft.org/article/view/v033i08 源代码: https://github.com/cran/Rassoc网站 依赖项: R(右) 关键词: 算法;渐近分布;趋势测试的相关性;遗传模型选择;最大值3;稳健测试;R(右);R包;统计软件杂志 相关软件: 艾根斯特拉;JMP公司;R(右);snp矩阵;开发工具;tdthap;缺口;澳大利亚联邦储备银行;GenABEL公司;关联测试;QUADPACK公司;mvtnorm公司;立法官;PLINK公司;MaXact公司;QSIMVN公司;个人电脑 引用于: 11文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 R中病例控制遗传关联研究中稳健检验渐近零分布的简单算法链接永藏;永丰;郑刚(音译) 2010 全部的 前5名28位作者引用 三 郑刚 2 南希·L·盖勒。 2 李奇斋 2 Wu,Colin O。 1 伊文德·巴克 1 曹、沙 1 卡门·帕尔多,M。 1 陈忠雪 1 丁俊华 1 阿尔巴·玛丽亚·弗朗科·佩雷拉 1 约瑟夫·刘易斯·加斯特沃思 1 Joo,Jungnam琼南 1 朱莉娅·科兹利蒂娜 1 米特·兰加斯 1 李兆海 1 卢英 1 Ng,Hon Keung Tony先生 1 曲、龙 1 威廉·舒卡尼。 1 苏,你 1 王玲璐 1 熊文军 1 徐金凤 1 袁、敖 1 臧勇 1 扎金,德米特里 1 张驰 1 张伟 全部的 前5名7篇连载文章中引用 三 遗传学和分子生物学中的统计应用 2 应用统计学杂志 2 农业、生物和环境统计杂志 1 统计与概率信件 1 统计科学 1 计算统计与数据分析 1 统计及其接口 在4个字段中引用 10 统计学(62-XX) 5 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 历史和传记(01-XX) 1 数值分析(65-XX) 按年份列出的引文