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快速结构

swMATH标识: 25207
软件作者: Raj A,Stephens M,Pritchard JK公司
说明: fastSTRUCTURE:大型SNP数据集中种群结构的变分推理。从遗传数据估计群体结构的工具现在在群体遗传学中有着广泛的应用。然而,在大型现代数据集中推断种群结构给计算带来了严峻的挑战。在这里,我们开发了一个有效的算法,用于使用变分贝叶斯框架对结构程序底层的模型进行近似推理。变分方法将计算相关后验分布的问题作为一个优化问题提出,使我们能够在优化理论的最新进展的基础上开发快速推理工具。此外,我们提出了有用的启发式分数来识别数据集中所代表的群体数量,并提出了一种新的层次结构来检测数据中的弱势群体结构。我们在模拟数据上测试了变分算法,并用CEPH人类基因组多样性小组的基因型数据进行了说明。变分算法比结构快两个数量级,精度可与混合算法相当。此外,我们的结果显示,用于选择模型复杂度的启发式分数为数据中所代表的总体数量提供了一个合理的值范围,当结构非常弱时,对检测结构的偏差最小。我们的算法,fastSTRUCTURE,可以在http://pritchardlab.stanford.edu/structure.html。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24700103
相关软件: 结构;R;弗拉佩;普利尔;LBFGS-B公司;GG地块2;重塑;伦敦金属交易所4;质量(R);坚果;PRMLT公司;阿德维;github;爱德华;SGMCM公司;灵活的;斯坦;美洲豹;温伯格;朋友
参考文献: 5种出版物

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