指南2 swMATH ID: 24614 软件作者： Sela，I.、Ashkenazy，H.、Katoh，K.、Pupko，T。 描述： 指南2：准确检测不可靠的对齐区域，考虑多个参数的不确定性。多序列比对（MSA）的推断是系统发育和比较基因组学研究的关键部分。然而，根据使用的方法和假设参数，从同一组序列中通常推断出不同的MSA。最近，人们投入了大量精力来提高识别不可靠线形区域的能力。检测这种不可靠的区域以前被证明对依赖于MSAs的下游分析很重要，例如检测阳性选择。在这里，我们开发了GUIDANCE2，这是一种新的综合方法，用于解释：（i）指数形成过程中的不确定性，（ii）假设导向树中的不确定性，以及（iii）成对比对中的协同最优解，用作渐进比对算法的构建块。我们将GUIDANCE2与七种方法进行了比较，以使用广泛的模拟和经验基准检测不可靠的MSA区域。我们表明，GUIDANCE2优于所有以前开发的方法。此外，GUIDANCE2还提供了一组可用于下游分析的替代MSA。新算法作为web服务器实现，可从以下网址获得：http://guidance.tau.ac.il。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4489236/ 源代码： https://github.com/anzaika/guidence网站 相关软件： 罢工；蛋白石；里昂；RASCAL公司；普罗瓦林；PCMA公司；充分满足；PMFastR项目；方面；莫韦；TCS（牵引力控制系统）；合并对齐；装饰铝；国际RMSD；重新校准器；AlexSys公司；水；探针Cons；UniProt公司；OXBench公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 丹·德布拉西奥 1 John D.Kececioglu。 连载1篇 1 计算生物学 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文