多个水序列自动校准:提高质量。多序列比对(MSA)是现代生物学研究的核心工具。然而,尽管有几代有价值的工具,人类专家仍然能够改进自动生成的msa。为了自动识别给定蛋白质家族中最可靠的MSA,我们提出了一个非常简单的协议,命名为AQUA,用于“多序列比对的自动质量改进”。我们目前的实现依赖于两个校准程序(肌肉和MAFFT),一个改进程序(RASCAL)和一个评估程序(NORMD),但是其他程序可以在这三个步骤中的任何一个步骤中合并。可用性:AQUA在Tcl/Tk中实现,并在所有平台上的命令行中运行。源代码在gnugpl许可证下可用。源代码、自述文件和补充数据可从http://www.bork.embl.de/Docu/AQUA获取。

zbMATH中的参考文献(参考 2篇文章 引用)

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按年份排序(引用)

  1. DeBlasio,Dan;Kececioglu,John:多序列比对的参数建议(2017)
  2. Muller,Jean;Creevey,Christopher J.;Thompson,Julie D.;Arendt,Detlev;Bork,Peer:AQUA:多序列比对的自动质量改进(2010)ioport公司