TCS（牵引力控制系统） swMATH ID: 24605 软件作者： Chang JM、Di Tommaso P、Notredame C 描述： TCS：一种新的多序列比对可靠性度量，用于估计比对准确性并改进系统发育树重建。在分析生物序列时，多序列比对（MSA）是一个关键的建模过程。同调和进化建模是MSA最常见的应用。众所周知，两者都对潜在的MSA准确性敏感。在这项工作中，我们展示了如何使用传递一致性评分（TCS）（T-Coffee评分方案的扩展版本）部分克服这个问题。使用这个局部评估函数，我们表明，根据基于BAliBASE和PRELAB结构的参考比对判断，可以识别MSA最可靠的部分。我们还展示了如何使用此度量来改进使用已建立的模拟数据集和新的经验酵母数据集的系统发育树重建。为此，我们描述了一种新的无损替代网站过滤的方法，该方法涉及到对可信列的加权。我们的方法依赖于T-Coffee框架；它使用成对比对库来评估任何第三方MSA。可以使用快速或慢速方法生成成对投影，从而在速度和准确性之间进行权衡。我们将TCS与Heads或Tails、GUIDANCE、Gblocks和trimAl进行了比较，发现它可以显著更好地估计结构准确性和更准确的系统发育树。该软件可从www.tcoffee.org/Projects/tcs获得。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24694831 相关软件： 指南2；罢工；蛋白石；里昂；RASCAL公司；普罗瓦林；PCMA公司；充分满足；PMFastR项目；方面；莫韦；合并对齐；装饰铝；国际RMSD；重新校准器；AlexSys公司；水；探针Cons；UniProt公司；OXBench公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 丹·德布拉西奥 1 John D.Kececioglu。 连载1篇 1 计算生物学 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文