装饰铝 swMATH ID: 24603 软件作者： Capella-Gutiérrez S、Silla-Martínez JM、Gabaldón T 描述： trimAl：大规模系统发育分析中的自动对齐修剪工具。摘要：多序列比对是生物信息学许多领域的核心。研究表明，从路线中删除排列不良的区域可以提高后续分析的质量。在处理数千个比对的大规模系统发育分析中，这样的比对修剪阶段是复杂的。在这里，我们介绍了trimAl，这是一种用于自动对齐修剪的工具，特别适合大规模的系统发育分析。trimAl可以单独或以多种组合考虑多个参数，以选择路线中最可靠的位置。这些包括有缺口的序列比例、氨基酸相似性水平，以及如果为同一组序列提供了多个比对，则不同比对的一致性水平。此外，trimAl可以自动选择每个特定对准中要使用的参数，以便优化信噪比。可用性：trimAl是用C++编写的，可移植到所有平台。trimAl可免费下载(http://trimal.cgenomics.org)可以通过Phylemon web服务器在线使用(http://phylemon2.bioinfo.cipf.es/). 补充材料可在http://trimal.cgenomics.org/publications网站 主页： http://trimal.cgenomics.org/ 相关软件： MAFFT公司;PAUP公司*;github;贝叶斯先生;持久性图像;CliqueTop（单击顶部）;裂土器;Cd命中;PhyML（物理建模语言）;数据序列;猿;蛋白石;里昂;RASCAL公司;指南2;普罗瓦林;PCMA公司;充分满足;罢工;PMFastR项目 引用于： 2文件 更多出版物： http://trimal.cgenomics.org/publications网站 全部的 前5名被6位作者引用 1 洛林·克劳福德 1 丹·德布拉西奥 1 萨拉·卡利什尼克·维罗夫舍克 1 约翰·凯切西奥卢。 1 莫诺德、安提亚 1 帕蒂尼奥·加林多，胡安·安格尔 2篇连载文章中引用 1 计算生物学 1 SIAM应用代数和几何杂志 在4个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 代数几何（14-XX） 1 代数拓扑（55-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文