负鼠

POSSUM:一个基于PSSM配置文件生成数字序列特征描述符的生物信息学工具包。位置特异性评分矩阵(PSSM)形式的进化信息是一种应用广泛且信息量很高的蛋白质序列表示形式。因此,基于PSSM的特征描述子被成功地应用于提高蛋白质属性各种预测因子的性能。尽管在以前的研究中已经提出了许多算法,但是目前还没有一个通用的web服务器或工具包可以用来生成这些种类繁多的描述符。在这里,我们介绍了POSSUM(posum-S-specific S coring matrix-based feat-u-generator for m-machine learning),这是一个具有在线web服务器的通用工具包,可以生成21种基于PSSM的特征描述符,从而满足了生物信息学家和计算生物学家的迫切需求。我们预计,这个综合性的工具包将作为一个强大的工具被广泛使用,以促进基于机器学习的模型的特征提取、选择和基准测试,从而为生物信息学研究提供更有效的分析和建模管道。可用性和实现:http://possum.erc.monash.edu/。