COMPADRE公司 swMATH ID: 24134 软件作者： Ramos-Rodriguez RR、Cuevas-Diaz-Duran R、Falciani F、Tamez-Peña JG、Trevino V。 描述： COMPADRE：通过成分分解进行通路活性分析的R和web资源。生物网络分析对于研究功能基因组数据至关重要。Compadre是一种工具，用于通过生物网络分析的子矩阵分解来估计路径/基因集活性指数。Compadre管道还包括直接使用活性指数来检测改变的基因集。为此，将基因集的基因表达子矩阵分解为组件，这些组件用于测试样本组之间的差异。这个过程是在有差异表达基因和无差异表达基因的情况下进行的，以减少错误呼叫。在此过程中，Compadre还进行了过度陈述测试。Compadre已经实施了四种分解方法[主成分分析（PCA）、等值线图、独立成分分析（ICA）和非负矩阵分解（NMF）]、六种统计测试（t-和f-测试、SAM、Kruskal-Wallis、Welch和Brown-Forsythe）、多个基因集（KEGG、BioCarta、Reactome、GO和MsigDB）并且易于扩展。我们在补充信息中显示的模拟结果表明，Compadre比David、Babelomics和Webgestalt等过度表示工具检测到更多的途径，比PLAGE检测到更少的假阳性。输出由分解和过度表示分析的结果组成，提供了更完整的生物图像。补充信息中提供的示例显示了Compadre用于生物网络分析的实用性、多功能性和简单性。可用性和实施：Compadre可在以下网站免费获得：http://bioinformatica.mty.itesm.mx:8080/compadre。R包也可在https://sourceforge.net/p/compadre。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22923303 相关软件： PennCNV公司；生物HMM；HdBCS公司；CNVassoc公司 引用于： 1文件 5位作者引用 1 阿尔贝托·卡塞塞 1 弗朗西斯科·法尔恰尼 1 米歇尔·吉尼达尼 1 Mahlet G.塔德斯。 1 玛丽娜·万努奇 连载1篇 1 应用统计学年鉴 在1个字段中引用 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文