纳罗米 swMATH ID: 24066 软件作者： 张，X。；刘凯。；刘振鹏。；杜瓦尔，B。；Richer，J.M。；赵晓明。；Hao，J.K。；陈，L。 说明： NARROMI：一种减少噪声和冗余的技术提高了基因调控网络推断的准确性。动机：基因调控网络（GRN）的重建是生物学家最感兴趣的问题，对于理解细胞内复杂的调控机制至关重要。尽管开发了各种方法从基因表达谱重建GRN，但由于数据中继承的噪声，特别是对于含有大量基因但样本数较少的数据集，它们以高假阳性率而臭名昭著。结果：在这项工作中，我们提出了一种新的方法，即NARROMI，通过结合基于常微分方程的递归优化（RO）和基于信息论的互信息（MI）来提高GRN推理的准确性。在该算法中，首先使用MI去除具有低成对相关性的噪声规则，然后使用RO进一步排除来自间接调节器的冗余规则，以提高推断GRN的准确性。特别是，RO步骤可以帮助确定监管方向，而无需事先了解监管机构。逆向工程评估与方法对话的基准数据集挑战和实验测定大肠杆菌GRN的结果表明，NARROMI在假阳性率和准确性方面明显优于其他流行方法。可用性：所有源数据和代码可从以下网址获得：http://csb.shu.edu.cn/narromi.htm。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23080116 相关软件： 本尼迪克特;TETRAD公司;pcalg公司;插补;特别行政区;KLU公司;法托德;RegulonDB公司;GeneNetWeaver;SIRENE公司;矩阵eQTL;NOMAD公司;路径2模型;SOSlib公司;拉西;BioPreDyn试验台;MMG公司;sgnesR公司;GeNGe公司;SGN模拟 引用于： 6文件 全部的 前5名23位作者引用 2 罗莎·阿格达姆 2 埃斯拉奇，昌吉兹 1 莫森·阿里扬普尔 1 梅赫达·阿扎迪 1 陈洛南 1 阿里·易卜拉希米 1 莫伊塔巴甘贾利 1 耿静 1 胡耀华 1 Huynh Thu，维安 1 李冲 1 帕里萨·尼卢法尔 1 阿波法兹尔·雷兹凡 1 吉多·桑吉内蒂 1 舒，岳 1 王金华 1 王少鹏 1 王树良 1 姚仁智 1 袁汉宁 1 曾涛 1 张万伟 1 赵一平 全部的 前5名6篇连载文章中引用 1 反问题 1 计算与应用数学杂志 1 应用统计学杂志 1 国际生物数学杂志 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在5个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 运筹学、数学规划（90-XX） 1 统计学（62-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文