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RVMAB(RVMAB)

swMATH编号: 24037
软件作者: 安JY、游ZH、孟FR、徐SJ、王Y
描述: RVMAB:对于基础研究而言,蛋白质能否与其伙伴相互作用是一项具有挑战性的任务。蛋白质自我作用(SIP)是PPI的一种特殊情况,在细胞功能调节中起着关键作用。由于实验性自交联鉴定的局限性,开发一种基于蛋白质序列预测SIP的有效生物工具非常重要。在本文中,我们提出了一种新的计算方法RVM-AB,它结合了相关向量机(RVM)模型和平均块(AB)来检测蛋白质序列中的SIP。首先,采用平均块(AB)特征提取方法在位置特定评分矩阵(PSSM)上表示蛋白质序列。其次,采用主成分分析(PCA)方法降低AB向量的维数,以减小噪声的影响。然后,利用相关向量机(RVM)算法对RVM-AB的性能进行了评估,并分别在酵母和人类数据集上与最新的支持向量机(SVM)分类器和其他现有方法进行了比较。通过五次试验,RVM-AB模型达到了很高的精度93.01
主页: 网址:http://219.219.62.123:8888/SIP_AB/
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