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HykGene公司

swMATH ID: 23981
软件作者: Wang,Y。;马克登,F。;福特,J。;J·皮尔曼。
描述: HykGene:一种使用微阵列基因表达数据选择表型分类标记基因的混合方法。动机:最近的研究表明,微阵列基因表达数据有助于许多疾病的表型分类。这种分类中的一个主要问题是特征(基因)的数量大大超过实例(组织样本)的数量。研究表明,选择少量信息基因可以提高分类精度。针对这个基因选择问题,人们提出了许多方法。以前的大多数基因排序方法通常选择50-200个排名靠前的基因,这些基因往往高度相关。我们的目标是选择一小组与分类任务最相关的非冗余标记基因。结果:为了实现这一目标,我们开发了一种结合基因排序和聚类分析的新型混合方法。在这种方法中,我们首先应用特征过滤算法来选择一组排名靠前的基因,然后对这些基因应用层次聚类来生成树状图。最后,通过扫线算法分析树状图,并通过折叠密集簇选择标记基因。使用三个公共数据集的实证研究表明,与直接使用排名靠前的基因进行分类的方法相比,我们的方法能够选择相对较少的标记基因,同时提供相同或更好的省去交叉验证准确性。可用性:HykGene软件可在以下网站免费获得:http://www.cs.dartmouth.edu/wyh/software.htm软件
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15585531
相关软件: 减压阀F;RankGene公司;4.5条;GALib公司;DistAl公司;促进;插补;ACO采样;PCP公司
引用于: 7出版物

按年份列出的引文