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iPTM毫升

swMATH ID: 23948
软件作者: 邱伟荣。;孙碧琴。;Xiao,X。;徐,Z.C。;周,K.-C。
描述: iPTM-mLys:识别多个赖氨酸PTM位点及其不同类型。动机:翻译后修饰,简称PTM,是指蛋白质生物合成后氨基酸侧链的变化。蛋白质中PTM位点的预测对于深入理解各种生物过程和开发有效药物具有重要意义,目前已成为生物信息学研究的热点。虽然已经建立了许多计算方法来识别各种单标签PTM类型及其在蛋白质中的出现位置,但还没有开发出用于多标签PTM型的方法。作为最常见的PTM之一,K-PTM,即发生在赖氨酸(K)上的修饰,通常可以容纳许多不同的类型,例如“乙酰化”、“巴豆酰化”、‘甲基化’和“琥珀酰化”。现在我们面临着一个有趣的挑战:给定一个含有许多K残基的无特征蛋白质序列,哪一个可以容纳两种或更多类型的PTM,哪一种只能容纳一种,哪种不能容纳?结果:为了解决这个问题,开发了一种称为IPTM-MLYS的多标签预测器。它代表了有史以来建立的第一个多标签PTM预测因子。该新型预测器的特点是将序列耦合效应纳入通用PseAAC,并将一系列基本随机森林分类器融合到集成系统中。通过一组多标签指标进行的严格交叉验证表明,第一个多标签PTM预测器非常有前途和令人鼓舞。可用性和实现:为了方便大多数实验科学家,已在http://www.jci-bioinfo.cn/iPTM-mLys用户无需通过复杂的数学方程即可轻松获得所需的结果。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27334473
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