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真诚

swMATH ID: 23915
软件作者: 郭敏哲(Minzhe Guo)、王慧(Hui Wang)、S史蒂文·波特(S Steven Potter)、杰弗里·惠塞特(Jeffrey A Whitsett)、严旭(Yan Xu)
描述: SINCERA:单细胞RNA序列分析的管道。发育生物学中的一个主要挑战是了解遗传和细胞过程/程序,这些过程/程序推动构成胚胎的各种细胞类型的器官形成和分化。虽然最近使用单细胞转录组分析的研究表明了测量和理解复杂生物系统中细胞异质性的能力,但处理来自异质性细胞群体的大量RNA-seq数据需要易于使用的工具来分析单细胞RNA-seq[scRNA-seque]图谱。本研究提出了一种普遍适用的分析管道(SINCERA:SINgle CEll RNA-seq剖析分析的计算管道),用于处理来自整个器官或分类细胞的scRNA-seg数据。该管道支持以下分析:1)主要细胞类型的区分和识别;2) 细胞类型特异性基因特征的鉴定;和3)确定给定细胞类型的驱动力。我们将此管道应用于E16.5胚胎小鼠肺分离的单个细胞的RNA-seq分析。通过管道分析,我们区分了小鼠胎肺的主要细胞类型,包括上皮细胞、内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和成纤维细胞样细胞类型,并确定了细胞类型特异性基因特征、生物过程和关键调节器。SINCERA在R中实施,根据GNU通用公共许可证v3获得许可,并可从CCHMC PBGE网站免费获取,https://research.cchmc.org/pbge/sincera.html。
主页: https://research.cchmc.org/pbge/sincera.html
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